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Fichier papier ?

Je ne vois qu'une solution : scanner le document et le passer dans un logiciel OCR (reconnaissance des caractères) de bonne qualité - personnellement j'utilise Readiris qui permet d'envoyer le résultat dans un traitement de texte.
Pour cela il faudrait que votre doc se présente soit comme ceci :
<?xml version="1.0"?>
<gpx xmlns="http://www.topografix.com/GPX/1/1" xmlns😠si="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.topografix.com/GPX/1/1 http://www.topografix.com/GPX/1/1/gpx.xsd" version="1.1" creator="EditGPX">
<trk>
<name>2016-02-28T18:31:09Z</name>
<trkseg>
<trkpt lat="44.47777516699999" lon="1.404051126">
<ele>140</ele>
</trkpt>
<trkpt lat="44.47789237399998" lon="1.404614445">
<ele>136</ele>
</trkpt>
<trkpt lat="44.477649886000016" lon="1.405183723">

ou comme ceci :
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<gpx version="1.1" creator="CartoExploreur 3 3.24" xmlns😠si="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns="http://www.topografix.com/GPX/1/1" xsi:schemaLocation="http://www.topografix.com/GPX/1/1 http://www.topografix.com/GPX/1/1/gpx.xsd">
<metadata>
<time>2016-02-03T17:37:22Z</time>
<bounds maxlat="44.477892374" maxlon="1.423071429" minlat="44.441550586" minlon="1.397011104" />
</metadata>
<trk>
<name>130 LES DURANDS N2 Rene n6</name>
<trkseg>
<trkpt lat="44.477775167" lon="1.404051126">
<ele>135.000000</ele>
</trkpt>
<trkpt lat="44.477892374" lon="1.404614445">
<ele>131.000000</ele>
</trkpt>
<trkpt lat="44.477649886" lon="1.405183723">
<ele>129.000000</ele>
à la limite les données d'altitude (<ele> peuvent être absentes)
la partie en gras est obligatoire.

Du boulot en perspective ...

Pour passer du papier au GPX, c'est pas bien compliqué : crée toi un fichier de quelques points en passant par editGPX http://www.visugpx.com/editgpx/ et ouvre le avec le blocnote de windows : regarde comment c'est foutu dedant, et modifie le avec tes propres points !

Compris ?